Sokan úgy gondolják, az önellenőrzés egyenlő a HACCP dokumentációk vezetésével. Ez csak részben igaz, hiszen a HACCP rendszer (illetve egyéb szabvány pl. ISO, IFS, BRC rendszerek) alapjai az önellenőrzésnek, azonban ez csak alapot ad. Vannak olyan elemei az élelmiszer-biztonságnak, melyek nyomtatványok töltésével nem igazolhatók. Ilyenek például a mikrobiológiai kritériumoknak való megfelelés. Amennyiben a hatóság élelmiszer szennyeződés gyanúja miatt vizsgálódik, akkor ezeknek a laboratóriumban vizsgálandó kritériumoknak való megfelelést (vagy nem megfelelést) igazolja.
A rendelet értelmében az önellenőrzést az alábbi módszerekkel lehet megvalósítani:
- érzékszervi vizsgálat,
- meghatározott követelmények mérése, a mért és észlelt eredmények értékelése és elemzése, ezek alapján - ha szükséges – beavatkozás;
- mintavétel és laboratóriumi vizsgálat;
- az önellenőrzéshez kapcsolódóan átvett, kapott, illetve keletkezett dokumentumok, feljegyzések ellenőrzése, értékelése és elemzése, valamint ha szükséges, az azokra épülő beavatkozás;
- az átvevői, felhasználói és fogyasztói panaszok kivizsgálása, elemzése, valamint ha szükséges, az azokra épülő beavatkozás.
Mint látható több módszer, illetve ezek kombinációja alkalmas arra, hogy az önellenőrzési tevékenység végrehajtható legyen. Természetesen nem minden esetben szükséges a termékek laboratóriumi vizsgálata az önellenőrzés keretein belül (pl. kizárólag csomagolt termékértékesítés), azonban az évenkénti 1 alkalommal kötelezően előírt vízminta megléte ezekben az esetekben is szükséges.
Olyan vállalkozásoknál, ahol élelmiszer előállítás is történik (kereskedelmi helyen, vendéglátásban, pékségben, egyéb feldolgozó üzemben), nélkülözhetetlen az időszakos laboratóriumi vizsgálat elvégzése.